Nekoduojančių genetinių sekų statistinė analizė ir vizualizavimas
Baigiamajame magistro darbe nagrinėjamas Breino grafų panaudojimas DNR sekų analizei ir vizualizavimui. Breino grafu yra vadinamas toks grafas, kuris atvaizduoja persidengimus tarp simbolių sekų - šiuo atveju jis yra pritaikomas DNR sekoms. Darbe yra naudojami 10 bakterijų genomų su skirtingais CG lygiais, kaupiamos šių genomų Breino grafo viršūnių ir briaunų užsipildymo momentų statistikos skirtingoms Breino grafų eilėms ir pateikiama šių statistikų analizė. Praktinės dalies įgyvendinimui buvo naudojama R statistinė sistema ir įvairūs jos paketai.
Master's thesis explores the analysis and visualization of DNA sequences using De Bruijn graphs. De Brujin graph is such a graph, that represents the overlaps between symbolic sequences, in this case - DNA sequences. 10 separate genomes of bacteria with varying CG levels are used to accumulate the moments of edge and vertice completion for De Brujin graphs of different dimensions. This data is further analised using R statistical system and the additionally provided packages.